Op de Emmaschool worden de prestatie van de leerlingen gevolgd door regelmatige toetsing en observaties. Twee keer per jaar worden er in de groepen 1 t/m 8 Cito-toetsen afgenomen op de volgende vakgebieden: technisch lezen, begrijpend lezen, spelling, rekenen & wiskunde en taal.  Deze Cito-toetsen zijn niet afhankelijk van de gebruikte lesmethoden. Naast de Cito-toetsen wordt de ontwikkeling van de leerling gevolgd met de toetsen uit de verschillende methoden. In groep 1/2 wordt de ontwikkeling van de kinderen ook gevolgd door het ontwikkelvolgmodel van Memelink.

De toetsresultaten en observatiegegevens worden nauwkeurig vastgelegd in een groepsoverzicht en groepsplan. Daarna worden de leerlingen besproken tijdens de groepsbespreking door de groepsleerkracht met de intern begeleider. Dit gebeurt tweemaal per jaar. Halverwege de periode is er een tussenevaluatie. Op deze manier wordt de cyclus van handelingsgericht werken vormgegeven.
Indien blijkt dat leerlingen op bepaalde vakgebieden het basisprogramma nog niet beheersen wordt er gewerkt met een intensief programma. Dat wil zeggen dat de leerling krijgt meer leertijd om de stof te verwerken en te herhalen. In hogere leerjaren kan er sprake zijn van compensatie en dispensatie. In de groepen 1 t/m 4 komen een bepaald aantal leerlingen bij elkaar in de ‘stergroep’. Dit is een groep met een klein aantal leerlingen uit verschillende groepen waarmee  het mogelijk is om op enkele dagdelen een intensief programma uit te voeren op het gebied van taal en rekenen. Deze mogelijkheid wordt tot nu toe (schooljaar 2011-2012) gesubsidieerd door de gemeente Rotterdam.
Indien blijkt dat leerlingen op bepaalde vakgebieden het basisprogramma zeer goed beheersen, wordt verdiepingsstof aangeboden in de vorm van zontaken ( dit zijn individuele verdiepingsopdrachten die in de groep kunnen worden gemaakt). Wanneer dit structureel voorkomt bestaat de mogelijkheid om deze leerling in een zongroep te plaatsen. Deze groep komt één keer per week bij elkaar om onder leiding van een gespecialiseerde leerkracht verdiepingsstof te krijgen zoals leren leren, filosofie en Spaans.

Voor alle toetsen geldt dat bij hiaten er door middel van extra uitleg en bijbehorende leerstof getracht wordt de resultaten van die leerlingen te verbeteren. Indien nodig kan nader diagnostisch onderzoek plaatsvinden. Als de toetsresultaten daartoe aanleiding geven, worden de ouders hierover geïnformeerd en worden er voorstellen gedaan over welke extra hulp gewenst is. Soms wordt er van leerlingen verwacht, dat ze thuis een taak uitvoeren. Dit alles in overleg tussen groepsleerkracht, ouders en leerling. Ook kunnen ouders met vragen en problemen bij de groepsleerkracht terecht.
In de cyclus van handelingsgerichtwerken zijn de volgende mogelijkheden van de groepsleerkracht om over de leerlingen te overleggen: tweemaal per jaar een groepsbespreking, twee maal per jaar een leerling-bespreking en vijf maal per jaar een intervisie. De groepsleerkrachten spreken dan over onderwijsbehoeften en aanpak van de leerlingen.